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富有天资的六扇门女捕头袁今夏由于一宗案子和性格狠厉的锦衣卫陆绎结下梁子，今夏本觉得今生与他再无交点，怎奈不是冤家不聚头。朝中十万两修河款神秘失踪，今夏领命协助陆绎一同下扬州破案，替朝廷找到不见的官银。原是道不同不相为谋，却因惊世密案联合。两个人从势同火水到另眼相看再到情难自控，命运的齿轮此后转动在一块。殊不知造化弄人，今夏居然是当初夏然案的孤儿，承受宗族血仇的她与陆绎中间毕现了不能逾越的鸿沟。最终，2个相爱的人经历痛苦，为救民众、抗倭寇、锄奸人，卸下宗族冤仇，联合对抗，打破凡俗枷锁，英勇地走到一起。

《锦衣之下》方向与小说相同，但小细节上的变动颇大。编剧充实了很多案子小细节，将案子变得复杂了。这个策略的主要作用是，以探案为载体，提升男女主人公互动交流。另一个作用是，摊开叙述线索，让一些主人公逐一出场。本剧针对案子所做的众多调整，利用案子让男女主相逢，并依照剧情发展相互了解对方，一步一步推进剧情发展，解开身世谜团。